自从《媒体良化法》推行以来，近未来的日本围绕风纪约束和言论自由展开了激烈的拉锯战。媒体良化队针对有害书籍的查禁和销毁不遗余力，与之相对，图书馆自卫组织图书队则拼尽全力保护着人们获取知识和娱乐的自由，为此不惜与良化队兵戎相见，牺牲生命。在历次的对抗中，倔强女孩笠原郁（荣仓奈奈 饰）和魔鬼教官堂上笃（冈田准一 饰）的默契与感情不断加深，彼此的心也越来越近。为了迎接即将到来的“艺术祭典”，图书队决定出借具有重要象征意义的《图书法规要览》在祭典上展出，为此专门安排了最高级别的安保工作。谁知良化队早就听到风声，接连派出大队人马势要夺走这本仅存的要览。在一连串事件背后，手冢光（福士苍汰 饰）哥哥——效力于文部科学省手冢慧（松坂桃李 饰）则致力推行着他的“未来计划”。图书队何去何从…… 　　本片根据作家有川浩的“图书馆系列”改编。

　　正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！

2010年秋，世卫组织官员小林荣子（檀丽 Rei Dan 饰）随队前往菲律宾扑灭禽流感，疫情很快得以控制，但仍有感染者私自离开疫区……次年，东京都的某家市立医院，医生松冈刚（妻夫木聪 Satoshi Tsumabuki 饰）收治的一名高烧病人入院后情况急转直下，咳血而死，病人家属与部分医生亦因感染而病倒。同时，近郊一家养 鸡场内检测出禽流感病毒，场主神苍及女儿（池肋千鹤 Chizuru Ikewaki 饰）的平静生活被打破。 　　小林荣子受命至此指导防疫，旧相识松冈担任其助手。疫情迅速扩散，一月之内病亡人数达到两千，各地出现恐慌，引发国际关注，政府迅速将疫区封锁。松冈偶然之下得知病毒源头可能另有所在，国外传回的检测结果支持了他的判断，松冈决定远赴国外查找病源。在空前的疫情中，松冈、小林以及神苍每个人都将面临自己选择的考验。

　　故事发生在未来的世界中，当周遭真实发生的所有事情都无法再刺激到年轻人麻木的神经后，他们将目光投向了虚无的虚拟世界当中，于是，一款名为“阿瓦隆”的游戏诞生了。在游戏中，人们可以选择任何他们想要经历的刺激关卡，在通关后甚至可以得到巨额的奖励。就这样，越来越多的人们沉溺于虚拟世界的厮杀和争斗，而等待着他们的最终结果就是过度刺激造成的脑部的永久性损伤。
　　阿修（玛尔歌泽塔·弗雷姆夏克 Malgorzata Foremniak 饰）是诸多游戏者中的一员，她精湛的技术和独来独往的特殊个性引来了众人的瞩目，却也引来了危险的竞争者。为了弄清楚这个神秘竞争者的真实面目，阿修在虚拟和现实世界中展开了双线调查，随着调查的深入，一段隐秘的往事渐渐的浮出了水面。

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　　在日本广岛县尾道市海边唯一的一家电影院迎来了闭馆，在风雨交加的闭馆夜，通宵上映着日本战争电影特辑，有三位来看电影的青年被突然袭击影院的闪电所包围，时空穿越进入了电影里的世界。江户时代、幕末乱世、戊辰战争、太平洋战争……三人逐渐发现自己正在游览银幕中的战争电影的世界，随着战争历史的变迁，电影技术也从黑白无声发展到有声电影和彩色电影。舞台转到了原子弹爆炸前夜的广岛，三位青年能否救下他们遇到的移动剧团，改变命运？

　　2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。
　　SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时……

　　孤独的少女与准备赴死的特攻队员
　　跨越时空的羁绊，两人相遇的奇迹ーー－－即使无法再次相见，也埋藏在心中的思念。
　　女子高中生百合，过着觉得母亲、学校的一切都很烦躁的生活。某天和母亲吵架后离家，再睁开眼时，她居然到了七十年前、战争时期的日本。
　　百合被偶然路过的彰所救，在与他生活的日子中，渐渐被彰的诚实与温柔吸引。然而，他是一名特攻队队员，之后的命运是要赌上来日无多的生命飞往战地──
　　而后，百合偶然间知道了彰真正的心意……

　　日本的某座城里发生连环抢劫案，但警方在犯罪现场却找不到任何蛛丝马迹。平凡生活着的水野为了帮助佐野博士进行人体实验而变成气体异形，后来水野为了家族衰落的爱人藤谷而多次犯下可怕的罪行…导致最后造成悲剧。

　　草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。