在大洋深处的南礁，以大白鲨里诺（罗伯特•德•尼罗 Robert De Niro 饰）为首的鲨鱼黑帮横行霸道，不可一世，其他鱼类对他们又恨又怕，时刻希望有人（鱼？）出来主持公道，消灭这群恶棍。里诺虽然邪恶，不过却格外疼爱他的儿子弗兰奇（Michael Imperioli 配音）和兰尼（杰克•布莱克 Jack Black 配音）。与凶暴的父亲和哥哥不同，兰尼心地善良，平易近鱼，甚至还是个素食主义者。
　　吊儿郎当的清洗店小职员奥斯卡（威尔•史密斯 Will Smith 饰）欠下老板钱财，债台高筑。被五花大绑的他遭到弗兰奇的追杀，而弗兰奇却被突然出现的铁锚砸死。喜好吹牛的奥斯卡因此宣称弗兰奇死于他之手，他还间接和兰尼成为朋友。然而，这却引起鲨鱼黑帮的愤怒……

　　故事发生在遥远的2095年，天空中出现了神秘的金字塔，金字塔中所禁锢的，正是鹰头人身的太阳神荷若丝（Thomas M. Pollard 饰），为了延长自己的寿命和法力，荷若丝逃出了重重禁锢，决定在凡间找一对男女生育自己的后代，被冰冻的太空人尼科波尔（托马斯·克莱舒曼 Thomas Kretschmann 饰）不幸成为了他的目标，最终，荷若丝成功的附在了尼科波尔的身体里。
　　吉尔（Barbara Scaff 饰）拥有着能够流出蓝色泪水的特异功能，对于自己的与众不同，吉尔感到十分困惑和无奈，更糟糕的是，天赋异禀的吉尔沦为了大型医药企业的人体试验对象，这样一位可怜的女子，成为了荷若丝的目标，命运的齿轮就此开始转动。

　　故事发生在遥远的2095年，天空中出现了神秘的金字塔，金字塔中所禁锢的，正是鹰头人身的太阳神荷若丝（Thomas M. Pollard 饰），为了延长自己的寿命和法力，荷若丝逃出了重重禁锢，决定在凡间找一对男女生育自己的后代，被冰冻的太空人尼科波尔（托马斯·克莱舒曼 Thomas Kretschmann 饰）不幸成为了他的目标，最终，荷若丝成功的附在了尼科波尔的身体里。
　　吉尔（Barbara Scaff 饰）拥有着能够流出蓝色泪水的特异功能，对于自己的与众不同，吉尔感到十分困惑和无奈，更糟糕的是，天赋异禀的吉尔沦为了大型医药企业的人体试验对象，这样一位可怜的女子，成为了荷若丝的目标，命运的齿轮就此开始转动。

　　草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭档。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。
　　巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。