香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。
　　由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。

　　丁常旺（郭晋安 饰）自幼就患有智障，智力一直停留在7岁水平，由单身母亲一手带大。阿旺虽然智力不高，但为人正直、十分热心，他和街坊阿凤（宣萱 饰）从小一起长大，青梅竹马；阿凤升学时阿旺甚至将自己的全部积蓄交给阿凤，让她能安心在美国完成学业。阿凤学成归来后进入了本地一家大集团钟氏集团工作，阿旺为了保护阿凤不被坏人欺负，亦进入钟氏集团当了一名信差。钟氏集团的老板（秦沛 饰）其实就是阿旺的亲生父亲，他同父异母的大哥钟子聪（黄宗泽 饰）也在钟氏任经理。阿旺乐于助人、尽职尽责的人生态度感染周围的许多人，只是，他7岁的智力水平能否应付成人世界里的虚伪？

　　肝胆情难舍，夺爱恨难平！
　　董斐(陈键锋)不理亡父遗训，乘姊姊岚(盖鸣晖)不觉时偷走出自幼居住的桃花村，途中结识了渔家子常欢(吴卓羲)。斐、欢到钱塘江观潮，斐对富家女邢晓雪(曹敏莉)一见钟情。
　　岚、斐意外发现父亲当年含冤而逝，为了为父讨回清白，二人在杭州住下。岚因调查而认识了佯装搭棚工人的节衡都尉狄英伟(元华)。伟义兄为沧洲五鬼所杀，伟为了方便调查而一直隐藏身分。调查下来，原来岚父之死，与沧洲五鬼及雪父均环环相扣。
　　另方面，斐、欢因为雪而闹翻，斐更因利欲熏心而重创岚……

　　鸭寮街是香港的缩影，随着香港经济起落，它亦经历过由欣欣向荣的黄金年代，沦为二手货交易市场的命运。
　　金融风暴前，戴少良的高级音响专门店是鸭寮街内最大的一家，其好友成大志因投机坐拥过千万的身家；金融风暴后，少良生意大不如前，大志亦沦为负资产。唯独二人好友关炳仁脚踏实地，不受影响。三人虽背景回异，但交情甚笃，热爱足球，三人组成的球队，在区内更被冠以「鸭记风尘三侠」的称号。
　　国际名导演卫家明女友卓琳为电影美指，为电影到鸭寮街搜集资料。她遇上少良，发现他一直怀缅过去的原因，原来少良七年前曾与歌影红星卓宁有一段七日情缘。自此，少良认定那段时期是他人生最风光的时刻，事业、爱情皆得意。虽事隔多年，并未与时并进。

　　发妻已逝的镜花堂当家人祝满山（陈鸿烈）膝下有两子两女：长子祝有成（曾伟权）是他事业上的得力助手，被视为接班人；二子祝有业（陈豪）放浪不羁，对家中生意不闻不问；三女祝明惠（黎姿）人如其名聪明能干，但因是女儿家不被思想保守的他重用；四女祝明敏（曹敏莉）一身热血，常为社会不公事挺身而出。祝家尚有对镜花堂觊觎良久的祝满山之弟祝满田（李国麟）、其妻李雅仙（商天娥）以及投奔姐夫的祝满山的小姨子、其女吴以方（蒙嘉慧）。
　　祝有成与茶餐厅打工女宋云裳（向海岚）两情相悦，但碍于她的身份地位，一直瞒着祝满山，可是纸始终包不住火。祝满山勃然大怒之际，更爱美人的祝有成放下江山和宋云裳私奔，不幸遇难。祝满山经子女劝说，允许怀有祝家骨肉的宋云裳进了家门。祝有业成为家族事业继承人，其后镜花堂生意在他、吴以方、祝明惠及其夫黎国昌（蒋志光）手里几经沉浮。过程中，祝有业、吴以方及祝有业事业低潮时邂逅的温柔女子汪晓晴（陈敏之）之间，演绎了复杂的三角恋情，祝满田与李雅仙更是伺机夺到大权。而宋云裳一直对祝有成的死耿耿于怀，一心要将祝家报复。

　　梁赞原为戏班伙头，自小随省城戏班大花脸黄华宝学习“咏春”功夫，因抱打不平，在满洲高手隆科贝克面前展现身手，引来高手向其师黄华宝挑战。
　　黄华宝虽一再避战，最终仍被隆科贝克暗算重伤，梁赞愤然...

　　香港飞行服务队(GFS)二级空勤主任高可风(郑伊健饰)和一级机师叶青云(林保怡饰)一个负责拯救一个负责驾驶，合作默契。可风的女友康友岚（佘诗曼饰）三年前因车祸昏迷，至今未醒。可风每天都去医院探望，终于奇迹发生，友岚苏醒过来，但是失去所有记忆。在可风的热情下重新接受他。叶青云与妻子离婚多年，独自带着可爱的儿子Jacket生活，感觉不到房东兼同事小娟对他的爱意。GFS新一届的学员诞生，风、云分别担任施楚淇（钟嘉欣饰）与见习机师蒋加诺（黎诺懿饰）的导师，淇自小被父亲抛弃，在孤儿院长大，自卑感严重；而加诺是富家少爷，但家庭突遭巨变。面对种种压力，他们能否顺利毕业？而友岚感觉被热心助人的可风冷落，感情渐渐偏向叶青云，突然的恢复记忆让她忆起了当日车祸的真相。他们的感情线将何去何从？

　　孙敏仪（汪明荃 饰）开设了孙敏仪律师事务所，经过多年的辛苦打拼，终于在业界取得了一定的威望和名声。大女儿沈一心（刘绰琪 饰）、女婿熊志达（黎耀祥 饰）和小女儿沈一言（胡杏儿 饰）都是孙敏仪手下的得力干将，一家人聚集在一起，将事务所经营的风生水起，井井有条。
　　程学勤（陈键锋 饰）是事务所里新来的律师，英俊帅气，年轻有为。在漂亮地打赢了几场官司之后，程学勤很快就博得了孙敏仪的赞赏和信任。随着时间的推移，沈一言和程学勤越走越近，彼此之间慢慢产生了感情，然而，当孙敏仪得知此事时，却一反常态地激烈阻止两人的继续交往。这其中究竟隐藏了怎样的秘密呢？

　　裁判法院法官高希敏（宣萱 饰）是个出名的钉官，铁脸无私，公正严明。潜意识里希敏不相信男人，也不相信婚姻！却想不到一次意外的邂逅，她竟然闪电结婚！令她改变初衷的，不是高大威猛的事业型男人，却是个喜欢打理家头细务凑仔煮饭的小男人葛国光（陈锦鸿 饰）。原因竟是因为一次酒后缠绵，却发现希敏怀了自己的骨肉，并打算堕胎，国光竭力阻止，并向希敏求婚，被一口拒绝。希敏为了断绝国光的纠缠，故意订立了一份非常苛刻的婚前协议书，以为用这方法可以吓走国光，想不到国光竟然毫不犹豫，立即签署！并立誓遵守协议书所有条文，令希敏大为感动，终于答应与国光结婚，并生下小儿子，开始了三小口子的幸福家庭。然而始终磨难不断。