時は遥か彼方の未来。88の星座系は、宇宙幕府ジャークマターに支配され、希望が失われていた。しかし、宇宙には一つの伝説が伝えられている。「宇宙が心無き者の手に陥り、人々が涙するとき、9人の究極の救世主が現れ、宇宙を救う」。その名は、宇宙戦隊キュウレンジャー。

　　过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。

　　——虽然很突然，但世界已经灭亡了。
　　1000年前一度毁灭的地球，由名为“Y”的传说中的时钟技师以时钟装置再构筑而成的世界。
　　吊车尾高中生·见浦直人，与“Y”所留下的自动人偶琉珠，以及天才时钟技师少女·玛丽相遇了。
　　当他们的能力相互咬合时，命运的齿轮开始转动。
　　不断重复破裂与延命，将即将崩坏的地球（“时钟机关之星”）修复的时钟朋克·幻想剧！

　　人类居住的“物质界”和恶魔居住的“虚无界”本来是互不干涉的两个次元，但是因为恶魔出于对物质的凭依，对物质界有了干涉。于是人类之中便有了驱除恶魔的“驱魔师”存在。
　　魔神（撒旦）的孩子奥村燐，隐藏了自己的出身，决意成为驱魔师，前往正十字学园内部存在的驱魔师培训机构·驱魔补习班学习。在地之王袭击的时候，奥村燐魔神的私生子的事败露了。因为畏惧魔神的“蓝炎”，同伴们与奥村燐之间的距离……
　　在那样的时候，学园最深部被封印了“不净王的左眼”被不明人员偷窃，奥村燐等人陷入到了无法预料的事态。