以悟觉和尚为首的少林十八棍僧接到皇上的御诏，奉旨南下抗倭。江浙前线，棍僧救下一队百姓，倭寇首领的亲弟弟被棍僧所杀。棍僧带领难民前往飞鱼隘口，寻求驻守明军的帮助。谁知飞鱼隘口的明军早已逃离，棍僧们只好先在此歇脚。浑然不知倭寇派出主力部队攻打飞鱼隘口，土城中仅存的百姓都是老弱妇孺，棍僧们决定留在土城帮助村民抵抗倭寇。生死存亡之际，十八棍僧共同抵挡了倭寇的进攻。但因师弟的冲动，几位师兄弟被倭寇杀害。倭寇首领得知土城中有少林的和尚，派出了忍者部队进行偷袭，以便发动最后的决战，誓要攻下飞鱼隘口，杀掉和尚为弟弟报仇。棍僧们为了掩护百姓们撤离，摆出了棍阵，以肉身阻止了倭寇的疯狂进攻，成功让百姓脱离危难。

　　安小龙一个人来到一座大城市寻找自己的师兄，可惜中途丢失了钱包，身无分文的他到处寻找工作，机缘巧合之下，他来到山庄当起了服务员并认识了梦琪，可惜安小龙在服务部受山庄的保安队长陷害，安小龙大受刺激离开了山庄。 后来安小龙偶遇一位导演 ，安小龙的武功让导演看中，导演派助理张影帝跟着安小龙，导演给张影帝下命令，务必把安小龙给劝回来。 张影帝成了安小龙跟屁虫，安小龙去哪，张影帝去哪，结果他们闯入一个犯罪现场，并且很巧合的拿了犯罪团伙最重要的箱子。之后张影帝打开箱子才知道，对方在交易非法的古董，安小龙要报警，张影帝不让。说等拿到证据，人赃俱获再报警，安小龙同意了。 经过一番周折，安小龙发现幕后老板武哥竟然是自己的师兄，安小龙为了正义，把武哥打得节节败退，安小龙义正言辞的教训武哥，说当年一起练武，为了匡扶正义除暴安良的信念哪去了、最后，武哥被打醒了，他认识到了自己的错误，他觉得对不起师傅，后悔至极，然后自首了。 最后，安小龙和梦琪再次相遇，梦琪挽留安小龙，安小龙留在了大城市，梦琪想让安小龙继续教自己功夫，他们成了一对恋人。

      剧情承接《铁甲狂猴之亡命雷霆》，雷霆击败力霸与铁刹之后，苍穹又派出了更为致命的博士与银狐来追杀雷霆，雷霆逐个击破。最终雷霆重新拾起铁甲狂猴的正义使命，与苍穹展开了最终大战。