作为民间警备组织E.G.I.S.的一员工作的工藤优信，有着变身为泰迦，泰塔斯，风马这个3人的奥特曼的能力。经过与无数敌人的战斗，优信和泰迦之间的羁绊更加深厚。但是，他们现在却被什么人瞄准了。知道这件事后，新生代的奥特曼们为了拯救他们，陆续集结。小光、翔、大地、凯、小陆、勇海、活海都来了。并且，泰迦的父亲，泰罗也来到了地球。但是，泰罗却猛烈地袭击了儿子泰迦。泰罗到底怎么了？泰迦能和父亲战斗吗！？现在，新生代正面临着巨大的黑暗力量！

　　1992年，一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员，他们要求直接与日本首脑对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止重蹈未来亡国的命运。
　　专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎（丰原功补 饰）在未来写过《哥斯拉诞生》一书，其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载，未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典（佐佐木胜彦 饰）以及国家超科学研究中心成员三枝未希（小高惠美 饰）乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛，试图将哥斯拉传送到别的地方。
　　寺泽他们的行动取得成功，但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后，可怕的危机遽然降临……

　　丰国商事在北海道纹别地区一直进行着森林采伐，作为现场监督人员的后藤裕一无意中发现了隐藏在这片森林之 中的古代遗迹并将埋藏在这片遗迹中的一枚盾牌拿了回去。
　　其实这片遗迹是妖精族留下来的，在此地还 封印了一个叫做帝斯基多拉的宇宙怪兽。6500万年前从外星而来的它毁灭了一切植物，导致了恐龙灭绝，而那枚盾牌正是用来封印怪兽帝斯基多拉的。
　　对此毫不知情的裕一将这枚盾牌带回了位于都内自己的 家并把它作为挂饰送给了自己的女儿，然后自己又返回到了采伐现场。黑色妖精贝拉贝拉飞来抢夺这枚盾牌并与对立派莫儿、罗拉姐妹展开了盾牌争夺战。在被莫儿、罗拉姐妹告知盾牌和封印的由来的后藤一家与莫儿、罗拉姐妹一起准备前往纹别。但在纹别的却出现了一块巨大的岩石。在后藤一家的协助之下罗拉姐妹夺回了盾牌，但是怪兽帝斯基多拉却从岩石中复活了。它像恶魔一样恐怖。为了打到怪兽帝斯基多拉，莫儿召唤来了摩斯拉。但是摩斯拉刚刚产完卵，寿命不长的她和怪兽之间陷入了苦战。为了助自己母亲一臂之力早产的 幼虫通过自己的丝和光线支援母亲作战。
　　摩斯拉不断挑战怪兽，使水库决堤成功的将怪兽逼到了对岸，但是摩斯拉拼尽了全力最终沉入了海底。在这之后，幼虫在屋久島充分吸收了森林的能量新的摩斯拉再次诞生了。于此同时怪兽也已经重新恢复到毁灭地球时的完 全状态，新的摩斯拉与怪兽再次交战，他以压倒性的力量和优势再次将怪兽封印到了地下。此后，摩斯拉让被怪 兽烧掉的已成荒芜的北海道瞬间重获绿色，并和莫儿、罗拉姐妹一起返回到了家乡。

　　一个自傲的街头孤儿Seiya（新田真剑佑 饰）无意中发现了自己隐藏的力量，并可能是唯一一个能够保护被神秘组织头目Guraad（法米克·詹森 饰）追杀的转世女神Sienna（麦迪森·伊瑟曼 饰）的人。他能够放下自己的过去，正视自己注定成为一个十二 宫骑士的命运吗？

　　卡美拉与卡欧斯决战后的冬天，北海道降下流星雨，其中一颗坠落在支笏湖南西方约一公里处，陆上自卫队第11师团随即派出化学防护小队，渡良瀬佑介二佐与花谷陆尉深入调查，发现到了是陨石坠落。
　　五天后，事件的原凶开始现身，札幌市地下铁的电车在隧道内被不明生物攻击，北海道札幌市的薄野出现巨大植物，巨大植物窜出一群体长3m，类似昆虫的甲壳类生物。
　　怪虫(Legion)与植物是与流星一起飞来的地球外物体，两者属共生关系，Legion会借由啃食硅酮并分泌氧气来制造植物(草体)，在这种高浓度氧的环境下，地球生物绝对无法生存，自卫队决定用爆破处理草体。此时海上自卫队探测到卡美拉往札幌飞去........

　　哥斯拉突然从海底出现，于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂完全破坏，虽然自队向哥斯拉展开猛烈攻击，但却完全阻止不了它前进。另一方面，危机管理情报局的官博士于茨城县的海沟发现直径200米的古代陨石，後来陨石内的有机物质与哥斯拉相遇并自我进化成巨大怪兽奥加，而哥斯拉就与奥加在西新宿展开一场生死战。

　　数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极击溃“哥吉拉”，并且将“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市虎视眈眈。于是，人类成立了“地球防卫部”，专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强大的成员，就是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。
　　此外，为了应付怪兽对人类造成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类，这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”，让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性，以应付怪兽的攻击，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。
　　就在不久之前，人们挖到一个巨大怪物的遗骸，而且怪物拥有机械跟生物的本质，怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的警告，这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”，盖刚的出现代表着人类的危机。
　　就在盖刚出土不久，世界各地突然在同一时间，遭受到了各大怪物的攻击，一时之间让地球防卫部忙的焦头烂额。但是突然出现的神秘飞行器，却将这些怪物全部都带走。这些自称“X星人”的外星来访客，声明自己是人类的朋友，要跟人类建立起同盟关系，更声称有一个巨大的星球即将撞上地球。但是在尾崎真一还有道格拉斯等人的调查之下，发现根本就没有神秘星球要撞击地球。而那些怪兽根本就是外星人侵略地球所释放的，X星人根本是要把人类当作粮食来利用。
　　虽然外星人的真面目被揭穿，但是外星人拥有不可思议的超能力，还有手下听命于外星人的巨大怪物。地球防卫军最后被歼灭，只剩下轰天号还苟延残喘著。此时，道格拉斯想出一个大胆的计策，就是解开南极哥吉拉的封印，让代表地球最强大怪物的哥吉拉，去面对这些外星来的侵略者....

　　大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。
　　现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。
　　没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系，
　　平行存在于现实世界中的横浜。
　　幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。
　　阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。
　　把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦，
　　目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。
　　就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。
　　他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。
　　「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」
　　出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？
　　随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。
　　那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。
　　和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦，
　　以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算，
　　期待着未来和他们擦出的火花吧。
　　早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。
　　并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。
　　《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡，
　　第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯，
　　都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。
　　两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。
　　在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。
　　但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。
　　还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。
　　将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。
　　当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时，
　　从未见过的奥特曼出现了，
　　他的名字是「迪迦」！
　　昭和宇宙人和平成奥特曼激突！