神猴哈奴曼和奥特曼六兄弟联手打怪兽，故事发生在泰国。

　　環境学者である西山玄学は、企業や企業の肩を持つ警察の圧力に屈することなく公害の実態調査をする一方、代々家に伝わる『諸世紀』の研究をしていた。そんな或る日、娘であるまり子の恋人の中川が帰国。まり子と中川の前で、父の西山玄学は「今の時代、先がどうなるかわからない。結婚しても子供は作るな」と残酷な忠告をした。数日後、夢の島で合成防腐剤AF2のため巨大化したナメクジが大発生する。日本各地では奇形児が増加する一方で、亜鉛鉱山周辺では特定の能力が異常に発達した子供が現れる。中川の実家がある漁村が赤潮で全滅した夜、中川とまり子は互いに惹かれ、ついに船の上で結ばれる。
　　西山は、人類の行き過ぎた開発が人類を滅亡させるとして、必要以上の生産を止めるよう提言するが、人々の興味は生活の向上や生産の増加に向いており、逆に「ヒューマニズムの崩壊」と批判される始末。国際会議も、発展途上国の人口増加が環境破壊に拍車をかけていると主張する先進国と、先進国の資源浪費が環境破壊の原因だと反論する発展途上国が対立して紛糾する。そんな中、太平洋上の海面が凍りつき、エジプトで雪が降るなどの異常気象が発生。さらに、成層圏に滞留した放射能がニューギニアに降り注いだとの知らせが届き、国際合同調査隊が派遣されることになった。西山の研究所からも2人の部下が派遣される。しかし合同調査隊は行方不明になり、西山や中川らによる第2次合同調査隊が派遣された。そこで彼らが目の当たりにしたのは、放射能によって巨大化した動植物や、食人鬼となり襲いかかる原住民、そして洞窟の奥で生きる屍と化した第1次調査隊隊員の姿であった。彼らに拳銃を向ける外国人隊員を制止する玄学だが、「こうするほかに何ができますか?」と反論された玄学も、自ら自分の部下を射殺するしかなかった。
　　その頃、SST事故によるオゾン層の破壊で日本列島に超紫外線が降り注ぎ、山火事やコンビナートの炎上が続発。さらに、異常気象は世界各地に拡大し、各国の穀倉地帯は軒並み全滅。暴騰する食料価格や大災害で人心は荒廃し、食料目当ての暴動や若者の退廃が進行。ついにそれによる二次災害までが発生し、東京の空はオゾン層の歪みで巨大な鏡と化した。大災害が頻発する中、西山の妻である伸枝は病に倒れ、玄学の腕に抱かれながら息を引き取る。その一方で、まり子の体には新しい命が宿っていた。
　　度重なる天変地異に、西山は国会で様々な人類滅亡のパターンを警告し地球の危機を力説、破滅への展望を展開していく。その凄惨な内容に衝撃を受けた内閣総理大臣は、政治家として大きな決断を迫られた。その決断とは…。

　　1992年，一架飞碟突然出现日本上空。飞碟走下三名自称时来自23世纪地球联邦机构的官员，他们要求直接与日本首脑对话，敦促日本尽快消灭哥斯拉，防止重蹈未来亡国的命运。
　　专事研究各种神秘事件的寺泽健一郎（丰原功补 饰）在未来写过《哥斯拉诞生》一书，其中披露了这只恐怖怪兽诞生的秘密。根据这本书的记载，未来人提出要健一郎、曾在太平洋战争期间目击哥斯拉的恐龙专家真崎洋典（佐佐木胜彦 饰）以及国家超科学研究中心成员三枝未希（小高惠美 饰）乘坐时光机返回1944年的拉哥斯小岛，试图将哥斯拉传送到别的地方。
　　寺泽他们的行动取得成功，但是20世纪却出现了另一头怪兽三头金龙王。种种诡异事件的背后，可怕的危机遽然降临……

良太开船去找男孩失踪的哥哥，遇到暴风雨漂流岛一座岛上，在那岛上发现了龙虾怪兽伊比拉，还有在岛上进行一项不为人知计划的神秘组织红竹，正巧碰到一位女原住民，通过她的帮助下四人潜入红竹的基地，竟发现哥斯拉在岛上的洞穴中休眠…….

　　在一场车祸中，永井圭（佐藤健 饰）意外发现自己竟然是一名“亚人”。亚人，拥有着和人类一样的外貌，却有着惊人的自愈能力和不死之身，为了获得亚人神秘的力量，政府逮捕并监禁了现今已经发现的亚人们，包括永井圭，在他们身上进行残忍的活体实验，然而对外，政府却声称这一行为是在保护亚人。
　　同样身为亚人的佐藤（绫野刚 饰）救出了永井圭，希望后者能够加入自己的阵营。佐藤依靠着进行恐怖活动来威胁政府，提出建立亚人自治区的诉求。永井圭知道佐藤生性贪婪邪恶，不愿意就范，因此亦被佐藤视为敌人。身处漩涡的中心，永井圭知道，这并不单单只是佐藤和自己的战争，而是人类和亚人之间的博弈。

　　一个全身闪红光的哥斯拉在香港登陆，并把港岛和九龙的繁荣商业区破坏後离去。及後东京海底队道亦因为隧道机械主轴溶化不停发生事故，原来哥斯拉身上的冷却系统已破坏，令牠体内核子分裂快速活性化，并变成一座懂得步行的核子厂。同时东京水族馆发生谜一样的事件—水族馆内的鱼被离奇杀害，经研究後发现是一些生活在二亿多年前的地层生物—狄斯亚所造成。在临海副都心，自卫队派出冷冻战车迎战不明生物—狄斯亚及哥斯拉。此时哥斯拉的体温最终到达一千二百度，并可能引发全人类灭亡的核爆……

　　最强战士贝利奥斯因为渴望人工太阳火炬的力量而坠入黑暗，但他的叛乱最终被奥特之王平定，并被打进宇宙监狱……
　　多年以后，被扎布拉星人救出的贝利奥斯重回光之国，打败了众奥特战士，成功夺走人工太阳火炬并到怪兽墓场去。失去了火炬的奥特之星瞬间冻结，成功逃离的就只有梦比优斯、初代和赛文。
　　此时，盘龙号在特顿星遭遇怪兽的袭击。在雷将怪兽消灭后，梦比优斯把雷带走，并向他求救。两人与初代、塞文会合后，便一同前往怪兽墓场……其后，盘龙号再次遭受怪兽袭击，而此次被戴拿出手相救。在杰顿星人口中得知奥特之星的灾难后，盘龙号也飞往怪兽墓场……
　　另一方面，在K76行星接受雷欧兄弟特训的赛文之子·ZERO在听闻奥特之星的危机后，也动身到怪兽墓场……

　　2010年，小学教员市川新市（哀川翔 饰）变身斑马人，打败了前来入侵的外星人，成为全人类的偶像。但在此之后，市川却神秘消失，行踪不明。转眼15年过去，日本发生巨大的改变。正邪颠倒，罪恶横行。东京更名斑马城，每天都有5分钟被称为“斑马时间”。是时，全副武装的斑马警察倾巢出动，对仍滞留街上的市民展开毫不留情的大屠杀。邪恶的相原公藏（ガダルカナル·タカ 饰）和她的女儿斑马皇后（仲里依紗 饰）统治着这里，在其强大的暴力阴影下，从者众而逆者寡。
　　某天，专门收容被斑马警察伤害的白马之家迎来了一位不寻常的病人。他就是消失15年之久的市川，但他对从前的事情一概不知。市川的学生晋平（井上正大 饰）和伙伴们悉心照料着他，希望市川早日恢复斑马人的英姿，带人民脱离苦海……

昭和29年の「ゴジラ」でスタートした東宝の怪獣映画シリーズは、「モスラ」や「妖星ゴラス」などの傑作を生み出し、また「大怪獣ガメラ」や「大巨獣ガッパ」など他社の怪獣ものにも影響を与え、海外にも多くのゴジラ?フリークを生み出した。しかしそのマンネリ化は防ぎようもなく、昭和40年代に入ったあたりから初期の頃のヒューマンな味わいが薄れ、怪獣同士の戦いがメインの子供向け作品に移行していく。この作品はそれまでの東宝怪獣キャラクターが勢ぞろいして怪獣島に管理され、平和な生活を送っているという状況で物語が始まる。そこに宇宙から凶悪怪獣キングギドラが飛来し、地球怪獣との死闘が……。

黑洞第三行星的人对机械哥吉拉进行改良，并且拉拢一位天才科学家真船信三博士，控制恐龙型怪兽泰坦龙来一起毁灭地球，国际刑警组织和哥吉拉将如何对付这个强大的邪恶军团？

　　进入正化年间（始自1989年），为了改善混乱堕落的社会风气，日本政府颁布《媒体良化法》，并成立特殊部门对所有可能影响世人身心健康的书籍进行查封与销毁。可与此同时，言论自由也遭到粗暴遏制和打压。为了捍卫自由思想，名为“图书馆自卫组织图书队”的组织应运而生，他们为了保护书籍拿起武器，许多人为此献出生命。高中时代曾被视为“王子大人”的图书队员相助，热血女孩笠原郁（荣仓奈奈 饰）决意加入图书队，可是负责训练她的二等图书正堂上笃（冈田准一 饰）似乎总有意刁难笠原，而女孩依旧凭借自己的努力成为一名图书特殊部队成员。在接下来的日子里，笠原和堂上教官、同期手冢光（福士苍汰 饰）的友情和信任日益加深。未过多久，左右言论自由的重大事件到来，图书队和媒体良化队宿命的战争拉开大幕……
　　本片根据有川浩的“图书馆系列”的第一部改编。